¿Cuál emulador se necesita para emular los juegos de NES a la perfección?

Nestopia:este es tambien un buen emulador si no sirve este utiliza el virtuanes: http://www.mediafire.com/?xfz785idp751z9o

Virtuanes097e: este emulador es muy bueno yo lo utilizo y no me da problemas y se los recomiendo
Descargarlo: http://www.mediafire.com/?aja5xa8xawvgwlg

¿puedo configurar el mando?

Por supuesto,
En el emulador le das option y seleccionas input, luego miras abajo donde dice Set all, y empizas a teclear que boton del teclado o del joy stick quieres que sea para cada movimiento, el orden es este:

Izquierda
Arriba
Derecha
Abajo
Select
Start
B
A
Auto-Fire B
Auto-Fire A
Mic

Luego le dasa OK y listo

En el virtuanes le das "option" luego "controller©..." hay te sale una pantallita donde sale un controlsito, simplemente le das click a cada boton y pones la tecla correspondiente.

¿Me descargue una Rom pero cuando voy a jugarla me sale una advertencia con dos opciones si ó no, que hago?

Dale que si y si no funciona correctamente proba con el otro emulador, y si tampoco funciona trata de descargar la rom de un lugar diferente.

¿se pude utilizar la pistola, ¿como le hago?

La NES Zapper (la pistolita) se emula automaticamente abres roms que usen dicha herramienta como el duck hunt, osea que no tienen que descargar nada, en ves de pistola usamos el mouse.

¿adonde guardo las partidas guardadas descargadas?

las partidas guardadas se guardan en la carpeta save en el emulador de nestopia, debe ser in archivo sav.

pueden preguntar cualquier inconveniente,estamos para ayudarles.